Sauver le BCG, en réveillant des souches vaccinales centenaires

Pour sauver le BCG, les chercheurs de l’Institut Pasteur de Lille tentent de réveiller des souches vaccinales centenaires

Après un siècle de dérive génétique, les souches vaccinales du BCG ne sont plus en mesure de lutter efficacement contre l’épidémie mondiale de tuberculose. Le « Quotidien » a rencontré les microbiologistes de l’institut Pasteur de Lille, alors qu’ils réalisent une expérience historique : ouvrir les tubes scellés il y a un siècle par Albert Calmette et Camille Guérin. Leur objectif : analyser leur génome pour sauver le BCG.

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Les six tubes conservés au musée de l’Institut Pasteur de Lille

C’est avec une délicatesse d’horloger, Philip Supply retire le bouchon de cire et écarte soigneusement le coton et la cassante feuille de cellophane centenaire.

Tendu mais calme, ce directeur de recherche du centre d’infection et d’immunité de Lille frotte le voile blanc recouvrant la surface vitrée. « C’est une grande responsabilité », confiait-il au « Quotidien », quelques heures avant ce délicat prélèvement des souches originelles de mycobacterium tuberculosis, enfermées par les Pr Albert Calmette et Camille Guérin entre 1909 et le début des années 1920. Cela faisait plus d’un siècle que ces bactéries, ou ce qu’il en reste, attendent, asséchées et tapies dans un mélange de pomme de terre, de bile de bœuf et de glycérol.

C’est en atténuant patiemment ces souches que les 2 légendaires chercheurs ont obtenu la version originale du BCG qui a permis d’immuniser 3 milliards de personnes et sauver des centaines de millions de vies humaines. « Peu de chercheurs peuvent se vanter d’avoir sauvé autant de vies humaines », insiste le Pr Patrick Berche, directeur général de l’Institut Pasteur de Lille pour qui l’ouverture de ces tubes restera « un moment très émouvant ».

Sa place est dans un musée !

Ces souches, et les tubes qui les contiennent, constituent de véritables trésors nationaux. Plus tôt dans la journée, ils ont parcouru dans des caissons étanches sécurisés les 200 m qui séparent le laboratoire P2 de Philippe Supply et leur lieu d’exposition : le musée de l’institut Pasteur de Lille. La manipulation en elle-même se déroule dans une hotte de sécurité de classe 3 dont le but n’est pas tant de protéger le manipulateur que de prémunir l’intérieur du tube contre les contaminants extérieurs.

Une fois l’écouvillon récupéré, Philip Supply l’introduit prestement dans un tube neuf et casse son extrémité. Les tubes d’origine sont minutieusement refermés, toujours sous hotte, avant de franchir le sas de sécurité et de retourner dans l’espace d’exposition. Les chercheurs vont, dans un premier temps, tenter de remettre les antiques bactéries prélevées en culture. « On n’est pas certain d’y parvenir, elles sont dans un état de dessiccation total », reconnaît Patrick Supply. À défaut de les ramener à la vie, les microbiologistes vont tenter une extraction de matériel génétique. Là encore, il n’est pas garanti qu’une quantité suffisante d’ADN en bon état pourra être récupérée.

Comprendre la dérive génétique

Mais s’ils y parviennent : Jackpot ! Les chercheurs lillois étudieront le génome de ces souches et leur capacité de protection vaccinale, puis les compareront aux souches actuelles de BCG. Ces dernières ont accumulé un grand nombre de mutations depuis 1924, date à laquelle Albert Calmette a diffusé son bacille atténué aux médecins du monde entier. « On pense que ces mutations ont pu réduire le pouvoir protecteur des souches vaccinales », poursuit Philip Supply. Cette dérive génétique expliquerait pourquoi les souches vaccinales actuelles « ne protègent pas de façon optimale contre les formes pulmonaires de tuberculose de l’adulte, les plus contagieuses », estime-t-il.

Afin de produire le BCG d’origine, les Pr Calmette et Guérin ont remis ces mycobacterium en culture des centaines de fois, jusqu’à ce qu’ils soient suffisamment atténués. Sur les 6 tubes conservés au musée, 2 contiennent la souche parentale d’origine et les 4 autres correspondent aux souches obtenues après 20, 30, 40 et 272 passages en culture. La comparaison des génomes de ces souches va permettre d’identifier les gènes et les fonctions responsables de la perte de virulence.

Le Pr Patrick Berche espère ainsi qu’il sera possible de « mimer le mécanisme d’atténuation et repartir d’une souche très virulente actuelle pour obtenir une souche vaccinale efficace ». L’analyse génomique sera réalisée avec l’aide de l’entreprise de biotechnologie Genoscreen, installée sur le campus de l’institut, où le Patrick Supply officie comme consultant.

Plusieurs années de travail en vue

Avec 1,7 million de morts par an, dont une centaine en France, la tuberculose tue plus que le sida ou le paludisme. « Il existe des souches résistantes à tous les antibiotiques responsables de 160 000 morts chaque année dans le monde. Elles restent pour l’instant confinées à quelques pays pauvres, mais il faut s’attendre à les voir augmenter », s’alarme le Pr Berche. D’ici quelques mois, les équipes de l’institut Pasteur de Lille sauront si leur expérience est un succès. L’analyse des données prendra 1 ou 2 ans supplémentaire, mais une éventuelle amélioration des vaccins, nécessitera sans doute une dizaine d’années.

Article de Damien Coulomb. Paru sur le quotidien du médecin le 23.03.2018