Auteur : Djebbar Abdelmadjid

Résumé : Le système immunitaire de plus de 95 % des personnes qui se sont rétablies du COVID-19 avaient des souvenirs durables du virus jusqu'à huit mois après l'infection. 

  Les résultats permettent d'espérer que les personnes recevant des vaccins contre le SRAS-CoV-2 développeront des souvenirs immunitaires durables similaires après la vaccination. 

      Une fois que les personnes atteintes se sont remises d'une infection par un virus, le système immunitaire en conserve la mémoire. Les cellules immunitaires et les protéines qui circulent dans le corps peuvent reconnaître et tuer l'agent pathogène s'il est à nouveau rencontré. Celles-ci protègent contre la maladie et réduisent sa gravité.
 
Cette protection immunitaire à long terme fait intervenir plusieurs composantes. Les anticorps (des protéines qui circulent dans le sang) reconnaissent les substances étrangères comme les virus et les neutralisent. Différents types de cellules T aident à reconnaître et à tuer les agents pathogènes. Les cellules B fabriquent de nouveaux anticorps lorsque le corps en a besoin.
 
Tous ces composants du système immunitaire ont été trouvés chez des personnes qui se remettent du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. Mais les détails de cette réponse immunitaire et combien de temps elle dure après l'infection ne sont pas clairs. Des rapports épars de réinfection par le SRAS-CoV-2 ont fait craindre que la réponse immunitaire au virus ne soit pas durable.
 
Pour mieux comprendre la mémoire immunitaire du SRAS-CoV-2, les chercheurs dirigés par les Drs. Daniela Weiskopf, Alessandro Sette et Shane Crotty de l'Institut d'immunologie de La Jolla ont analysé les cellules immunitaires et les anticorps de près de 200 personnes qui avaient été exposées au SRAS-CoV-2 et se sont rétablies.
La recherche a été financée en partie par le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) du NIH et le National Cancer Institute (NCI). Les résultats ont été publiés le 6 janvier 2021 dans Science.
 
Les chercheurs ont trouvé des réponses immunitaires durables chez la majorité des personnes étudiées. Des anticorps contre la protéine de pointe du SRAS-CoV-2, que le virus utilise pour pénétrer à l'intérieur des cellules, ont été trouvés chez 98% des participants un mois après l'apparition des symptômes. Comme on l'a vu dans des études précédentes, le nombre d'anticorps variait considérablement entre les individus. Mais, de façon prometteuse, leurs niveaux sont restés assez stables au fil du temps, ne diminuant que modestement 6 à 8 mois après l'infection.
 
Les cellules B spécifiques du virus ont augmenté avec le temps. Les gens avaient plus de cellules B mémoire six mois après l'apparition des symptômes qu'un mois après. Bien que le nombre de ces cellules semble atteindre un plateau après quelques mois, les niveaux n'ont pas diminué au cours de la période étudiée.
 
 Les niveaux de cellules T pour le virus sont également restés élevés après l'infection. Six mois après l'apparition des symptômes, 92 % des participants avaient des lymphocytes T CD4+ qui reconnaissaient le virus. Ces cellules aident à coordonner la réponse immunitaire. Environ la moitié des participants avaient des cellules T CD8+, qui tuent les cellules infectées par le virus.
  
 Comme pour les anticorps, le nombre de différents types de cellules immunitaires variait considérablement d'un individu à l'autre. Ni le sexe ni les différences de gravité de la maladie ne pouvaient expliquer cette variabilité. Cependant, 95% des personnes avaient au moins 3 des 5 composants du système immunitaire qui pouvaient reconnaître le SRAS-CoV-2 jusqu'à 8 mois après l'infection.
  
 «Il y a plusieurs mois, nos études ont montré que l'infection naturelle induisait une forte réponse, et cette étude montre maintenant que les réponses durent», explique Weiskopf. "Nous espérons qu'un modèle similaire de réponses durables dans le temps émergera également pour les réponses induites par le vaccin."
  
Article original en anglais de Sharon Reynolds                                 
Traduction : site " www.aurespneumo.com " Pr A. Djebbar

La tuberculose tue 1,8 million de personnes dans le monde chaque année ( OMS). Cent ans après son invention, le BCG reste aujourd’hui le seul vaccin contre cette infection encore mal comprise. Très efficace chez les enfants, il montre cependant ses limites chez les adultes.

C’est une vraie révolution sanitaire, qui a rendu ses deux initiateurs (presque) aussi célèbres que Pasteur lui-même. En juillet 1921, la première administration du vaccin contre la tuberculose était réalisée sur un nouveau-né de l’hôpital de la Charité, à Paris. Le BCG, pour « Bacille bilié de Calmette et Guérin », respectivement médecin et vétérinaire à l’Institut Pasteur de Lille, était né. Depuis, 4 milliards de doses ont été injectées dans le monde, évitant la mort de millions de jeunes enfants.

« La tuberculose était l’une des principales causes de mortalité infantile, raconte Olivier Neyrolles, microbiologiste à l’Institut de pharmacologie et biologie structurale1. Contrairement aux adultes qui développent en majorité des formes pulmonaires, chez les enfants, la tuberculose prend une forme disséminée, sous la forme de méningites notamment, très létale. Le vaccin d’Albert Calmette et de Camille Guérin a permis de faire chuter de plus de 95 % cette mortalité. » Plus étonnant : les médecins de l’époque se sont rapidement aperçus que si le vaccin était redoutablement efficace contre la tuberculose, il protégeait aussi les enfants d’autres maladies infectieuses. Des millions d’enfants sauvés L’efficacité du BCG chez l’humain est d’autant plus miraculeuse qu’il avait été initialement développé pour protéger les… animaux d’élevage. « C’est un vaccin développé contre la tuberculose bovine, dont la souche est un peu différente de la tuberculose humaine, rappelle Camille Locht, microbiologiste au Centre d’infection et d’immunité de Lille2. Il a tellement bien marché chez les bovins, et la pression était tellement énorme, qu’il a été testé chez les enfants de familles tuberculeuses avec le succès que l’on sait. » Ce vaccin développé contre la tuberculose animale a tellement bien marché chez les bovins, et la pression était tellement énorme, qu’il a été testé chez les enfants de familles tuberculeuses avec le succès que l’on sait. La technique, 100 % pasteurienne, est celle du bacille vivant atténué : durant treize années, l’agent de la tuberculose bovine a été répliqué in vitro 230 fois, jusqu’à perdre toute virulence et ne plus présenter aucune dangerosité… « C’est généralement la façon dont évoluent les pathogènes lorsqu’ils ne sont soumis à aucune pression de sélection, explique Camille Locht. Depuis, on a séquencé le génome complet du bacille atténué et on a pu constater qu’il avait perdu des morceaux entiers d’ADN très importants pour la virulence. » Utilisé depuis un siècle maintenant – c’est le plus ancien vaccin encore en usage à ce jour –, le BCG n’a pourtant pas réussi à éradiquer la tuberculose. Dix millions de personnes développent la maladie et près de 1,5 million décèdent chaque année (dont 400 000 sont coinfectées par le VIH), ce qui en fait l’infection la plus mortelle dans le monde, hors Covid-19. Très efficace chez l’enfant, le vaccin de Calmette et Guérin s’avère en effet beaucoup moins protecteur contre la forme pulmonaire de la tuberculose chez l’adulte, moins létale, mais beaucoup plus contagieuse puisqu’elle se propage par aérosols. La tuberculose, un ennemi redoutable « La tuberculose est une maladie de la pauvreté, qui sévit surtout en Afrique et en Asie, d’où le relatif désintérêt dans lequel elle est tombée dans les pays développés. Mais dès que la précarité resurgit quelque part, la tuberculose refait son apparition », souligne Olivier Neyrolles, qui pointe la promiscuité, une mauvaise alimentation et un accès insuffisant aux soins comme principaux facteurs d’émergence. En France, où 5 000 à 6 000 cas de tuberculose se déclarent chaque année, les départements les plus touchés sont ainsi les banlieues défavorisées de la région parisienne.la suite « La tuberculose était l’une des principales causes de mortalité infantile, raconte Olivier Neyrolles, microbiologiste à l’Institut de pharmacologie et biologie structurale1. Contrairement aux adultes qui développent en majorité des formes pulmonaires, chez les enfants, la tuberculose prend une forme disséminée, sous la forme de méningites notamment, très létale. Le vaccin d’Albert Calmette et de Camille Guérin a permis de faire chuter de plus de 95 % cette mortalité. » Plus étonnant : les médecins de l’époque se sont rapidement aperçus que si le vaccin était redoutablement efficace contre la tuberculose, il protégeait aussi les enfants d’autres maladies infectieuses. Des millions d’enfants sauvés L’efficacité du BCG chez l’humain est d’autant plus miraculeuse qu’il avait été initialement développé pour protéger les… animaux d’élevage. « C’est un vaccin développé contre la tuberculose bovine, dont la souche est un peu différente de la tuberculose humaine, rappelle Camille Locht, microbiologiste au Centre d’infection et d’immunité de Lille2. Il a tellement bien marché chez les bovins, et la pression était tellement énorme, qu’il a été testé chez les enfants de familles tuberculeuses avec le succès que l’on sait. » Ce vaccin développé contre la tuberculose animale a tellement bien marché chez les bovins, et la pression était tellement énorme, qu’il a été testé chez les enfants de familles tuberculeuses avec le succès que l’on sait. La technique, 100 % pasteurienne, est celle du bacille vivant atténué : durant treize années, l’agent de la tuberculose bovine a été répliqué in vitro 230 fois, jusqu’à perdre toute virulence et ne plus présenter aucune dangerosité… « C’est généralement la façon dont évoluent les pathogènes lorsqu’ils ne sont soumis à aucune pression de sélection, explique Camille Locht. Depuis, on a séquencé le génome complet du bacille atténué et on a pu constater qu’il avait perdu des morceaux entiers d’ADN très importants pour la virulence. » Utilisé depuis un siècle maintenant – c’est le plus ancien vaccin encore en usage à ce jour –, le BCG n’a pourtant pas réussi à éradiquer la tuberculose. Dix millions de personnes développent la maladie et près de 1,5 million décèdent chaque année (dont 400 000 sont coinfectées par le VIH), ce qui en fait l’infection la plus mortelle dans le monde, hors Covid-19. Très efficace chez l’enfant, le vaccin de Calmette et Guérin s’avère en effet beaucoup moins protecteur contre la forme pulmonaire de la tuberculose chez l’adulte, moins létale, mais beaucoup plus contagieuse puisqu’elle se propage par aérosols. La tuberculose, un ennemi redoutable « La tuberculose est une maladie de la pauvreté, qui sévit surtout en Afrique et en Asie, d’où le relatif désintérêt dans lequel elle est tombée dans les pays développés. Mais dès que la précarité resurgit quelque part, la tuberculose refait son apparition », souligne Olivier Neyrolles, qui pointe la promiscuité, une mauvaise alimentation et un accès insuffisant aux soins comme principaux facteurs d’émergence. En France, où 5 000 à 6 000 cas de tuberculose se déclarent chaque année, les départements les plus touchés sont ainsi les banlieues défavorisées de la région parisienne.

Abstract

Objective To investigate the use of repurposed and adjuvant drugs in patients admitted to hospital with covid-19 across three continents. Design Multinational network cohort study. Setting Hospital electronic health records from the United States, Spain, and China, and nationwide claims data from South Korea. Participants 303 264 patients admitted to hospital with covid-19 from January 2020 to December 2020. Main outcome measures Prescriptions or dispensations of any drug on or 30 days after the date of hospital admission for covid-19. Results Of the 303 264 patients included, 290 131 were from the US, 7599 from South Korea, 5230 from Spain, and 304 from China. 3455 drugs were identified. Common repurposed drugs were hydroxychloroquine (used in from <5 (<2%) patients in China to 2165 (85.1%) in Spain), azithromycin (from 15 (4.9%) in China to 1473 (57.9%) in Spain), combined lopinavir and ritonavir (from 156 (<2%) in the VA-OMOP US to 2,652 (34.9%) in South Korea and 1285 (50.5%) in Spain), and umifenovir (0% in the US, South Korea, and Spain and 238 (78.3%) in China). Use of adjunctive drugs varied greatly, with the five most used treatments being enoxaparin, fluoroquinolones, ceftriaxone, vitamin D, and corticosteroids. Hydroxychloroquine use increased rapidly from March to April 2020 but declined steeply in May to June and remained low for the rest of the year. The use of dexamethasone and corticosteroids increased steadily during 2020. Conclusions Multiple drugs were used in the first few months of the covid-19 pandemic, with substantial geographical and temporal variation. Hydroxychloroquine, azithromycin, lopinavir-ritonavir, and umifenovir (in China only) were the most prescribed repurposed drugs. Antithrombotics, antibiotics, H2 receptor antagonists, and corticosteroids were often used as adjunctive treatments. Research is needed on the comparative risk and benefit of these treatments in the management of covid-19.

Au cours des premiers mois de la pandémie de Covid-19, plusieurs molécules ont été proposées sur la base de leur activité antivirale in vitro et malgré l’absence de preuve de leur efficacité. Le British Medical Journal publie une étude faisant le point sur les principaux traitements délivrés aux patients hospitalisés, dans des pays aussi différents que les États-Unis, la Corée du sud, l’Espagne et la Chine. L’étude porte sur plus de 300 000 patients hospitalisés entre janvier et décembre 2020. Parmi eux, environ 63 000 étaient pris en charge en soins intensifs.

Des pratiques très variables selon les pays

Le premier constat est la grande hétérogénéité dans l’utilisation de ces molécules, notamment de fortes variations dans le taux d’utilisation de l’hydroxychloroquine et de l’azithromycine, tant d’un point de vue géographique que temporel.
Le traitement à visée antivirale le plus « populaire » a été indéniablement l’hydroxychloroquine prescrite à seulement 2 % des patients en Chine (où 11,5 % des patients ont toutefois reçu de la chloroquine) mais à 85 % en Espagne. Les prescriptions d’azithromycine vont de 5 % en Chine à 58 % en Espagne. L’association lopinavir-ritonavir a été utilisée assez largement en Corée du Sud (34,9 %) et en Espagne (50,5 %), mais peu dans les autres pays. Cela correspond aux recommandations nationales pendant la durée de l’étude, établies sur la base de données d’efficacité in vitro. L’umifénovir, autre antiviral, est la molécule la plus prescrite, mais exclusivement en Chine (78 %). Les traitements complémentaires montrent la même hétérogénéité, les plus prescrits étant l’énoxaparine, les fluoroquinolones, la ceftriaxone, la vitamine D et les corticoïdes.

Chute de l’hydroxychloroquine, montée des corticostéroïdes

En ce qui concerne l’utilisation dans le temps, celle de l’hydroxychloroquine augmente rapidement à partir de mars et avril 2020, mais décline brutalement en mai et juin après plusieurs mises en garde contre ses effets secondaires, et reste ensuite très faible. Les variations de l’utilisation de l’azithromycine, autre molécule largement prescrite, sont plus difficiles à apprécier, les résultats de l’essai Recovery montrant l’absence de bénéfice chez les patients hospitalisés ayant été publiés seulement à la mi-décembre. En revanche, l’emploi de la dexaméthasone et des corticostéroïdes augmente régulièrement tout au long de l’année.
Les auteurs de l’étude constatent que cette hétérogénéité et ces changements rapides vont de pair avec la diffusion de l’information sur la Covid-19 (phénomène « infodémique »). Les changements de pratique sont « alignés » sur les publications d’essais de faible qualité, les tweets, les avis politiques, etc. qui ont pu influencer aussi les décisions des agences de régulation. Pour les auteurs, il sera nécessaire de réaliser une évaluation rétrospective des pratiques de prise en charge et de traitement pendant la pandémie, pour se protéger contre le recours à des traitements dont l’efficacité n’a pas été prouvée voire potentiellement délétères, durant les futures vagues pandémiques et d’autres crises de santé publique.

Article original : Prats-Uribe A. et coll. : Use of repurposed and adjuvant drugs in hospital patients with covid-19: multinational network cohort study BMJ 2021;373:n1038. doi.org/10.1136/bmj.n1038 Résumé de l’article en français par Dr Roseline Péluchon sur Jim.fr du 21/05/2021

• Aucun changement significatif n’a été apporté aux recommandations sur la prise en charge de la BPCO, y compris la pharmacothérapie, dans la mise à jour 2021 du rapport GOLD
• L’évaluation multidimensionnelle de la BPCO basée sur la spirométrie, les symptômes, le risque d’exacerbation et la présence de comorbidités reste essentielle.
• Il y a une nouvelle recommandation selon laquelle la vaccination TDCq ( Tétanos , Dyphtérie, Coqueluche ) devrait être offerte aux patients atteints de BPCO qui n’ont pas été vaccinés à l’adolescence pour se protéger contre la coqueluche.
• Le traitement initial est basé sur le groupe GOLD du patient et comprend des approches non pharmacologiques et pharmacologiques
• Une fois le traitement d’entretien prescrit, les patients doivent être examinés pour déterminer leur réponse. L’examen doit inclure une évaluation de la technique de l’inhalateur et de la conformité
• Les patients qui restent essoufflés ou qui continuent de subir des exacerbations devraient voir leur traitement intensifié, le nouveau traitement étant déterminé à la fois par leur traitement actuel et par les autres manifestations nécessitant un traitement.
• Les bronchodilatateurs à action prolongée restent le pilier de la pharmacothérapie
• Il est recommandé que l’utilisation de l’ICS soit guidée par la numération des éosinophiles sanguins.
• La prise en charge pharmacologique et non pharmacologique de la BPCO stable n’a pas besoin de changer pendant la pandémie de coronavirus.
• Si les patients présentent des symptômes d’exacerbation ou de COVID-19, ils doivent être testés pour une infection par le SRAS-CoV-2 et traités en conséquence.

GOLD=Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease; TdaP=tetanus, diphtheria, and pertussis; ICS=inhaled corticosteroid; SARS-CoV-2 = Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2

En novembre 2020, le comité de l’Initiative mondiale pour les maladies pulmonaires obstructives chroniques (GOLD) a publié son rapport 2021,  Stratégie mondiale pour le diagnostic, la gestion et la prévention de la BPCO. Le rapport contient des recommandations sur le diagnostic et l’évaluation des personnes atteintes de bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), la prise en charge d’une maladie stable et des exacerbations, et le rôle des comorbidités. Le rapport 2021 contient quelques mises à jour mineures mais importantes de ces recommandations, mais le changement le plus important est l’inclusion d’un nouveau chapitre sur la BPCO et le COVID-19.

En 2018, GOLD a organisé un sommet d’une journée pour examiner les informations sur l’épidémiologie, les caractéristiques cliniques, les approches de prévention et de contrôle et la disponibilité des ressources pour la BPCO dans les pays à revenu faible et intermédiaire . Le rapport GOLD 2021 commence à prendre en compte les conclusions du sommet en incorporant des références à l’ensemble minimal d’interventions de l’Organisation mondiale de la santé pour le diagnostic et la prise en charge de la BPCO , mais il souligne également qu’il reste beaucoup à faire pour améliorer les résultats en PAFR ( Pays à faible revenu), y compris:

• les données sur les caractéristiques épidémiologiques et cliniques de la BPCO dans ces pays sont limitées
• les services de spirométrie diagnostique ne sont pas largement disponibles
• il existe des problèmes majeurs d’accès à des thérapies pharmacologiques et non pharmacologiques abordables de qualité garantie.

Le rapport 2021 souligne également que la BPCO n’est toujours pas prise suffisamment au sérieux à aucun niveau – des individus et communautés aux gouvernements nationaux et aux agences internationales – et il est temps que cela change.

Diagnostic et évaluation des personnes atteintes de BPCO

Le rapport 2021 GOLD continue de recommander qu’un diagnostic de BPCO soit basé sur la présence de symptômes et d’obstruction des voies respiratoires démontrées par un rapport volume expiratoire forcé postbronchodilatateur en 1 seconde (FEV ₁ ) / capacité vitale forcée (CVF) inférieur à 0,7 en spirométrie . Il déclare: «  Les objectifs de l’évaluation sont de déterminer le niveau de limitation du débit d’air, l’impact de la maladie sur l’état de santé du patient et le risque d’événements futurs (tels que les exacerbations, les hospitalisations ou le décès)  » . ¹ Pour atteindre ces objectifs, le rapport recommande que l’évaluation des personnes atteintes de BPCO considère séparément les aspects suivants de la maladie:

• la présence de l’anomalie spirométrique et sa gravité
• nature et ampleur actuelles des symptômes
• antécédents d’exacerbations modérées et sévères et risque futur
• présence de comorbidités.

Le degré de FEV ₁ valeur, exprimée en pourcentage de la valeur prédite, est utilisé pour déterminer le stade de l’ or (1-4), mais le niveau des symptômes, tel que déterminé par la moyenne des scores modifié MRC de dyspnée (MMRC) ou le test d’évaluation (CAT) et le risque d’exacerbations, basé sur le nombre d’exacerbations modérées ou sévères au cours de l’année précédente, sont utilisés pour déterminer le groupe GOLD du patient (voir Figure 1). Le rapport GOLD 2021 souligne à nouveau que cette évaluation des symptômes et du risque d’exacerbations n’est recommandée que comme base pour déterminer le traitement initial et n’est pas conçue pour réévaluer les patients pendant le suivi.

considère séparément les aspects suivants de la maladie: ¹

• la présence de l’anomalie spirométrique et sa gravité
• nature et ampleur actuelles des symptômes
• antécédents d’exacerbations modérées et sévères et risque futur
• présence de comorbidités.

Le degré de FEV ₁ valeur, exprimée en pourcentage de la valeur prédite, est utilisé pour déterminer le stade de l’ or (1-4), mais le niveau des symptômes, tel que déterminé par la moyenne des scores modifié MRC de dyspnée (MMRC) ou le test d’évaluation (CAT) et le risque d’exacerbations, basé sur le nombre d’exacerbations modérées ou sévères au cours de l’année précédente, sont utilisés pour déterminer le groupe GOLD du patient (voir Figure 1). Le rapport GOLD 2021 souligne à nouveau que cette évaluation des symptômes et du risque d’exacerbations n’est recommandée que comme base pour déterminer le traitement initial et n’est pas conçue pour réévaluer les patients pendant le suivi.

Le rapport 2021 GOLD continue de recommander qu’un diagnostic de BPCO soit basé sur la présence de symptômes et d’obstruction des voies respiratoires démontrées par un rapport volume expiratoire forcé postbronchodilatateur en 1 seconde (FEV ₁ ) / capacité vitale forcée (CVF) inférieur à 0,7 en spirométrie . Il déclare: «  Les objectifs de l’évaluation sont de déterminer le niveau de limitation du débit d’air, l’impact de la maladie sur l’état de santé du patient et le risque d’événements futurs (tels que les exacerbations, les hospitalisations ou le décès)  » . Pour atteindre ces objectifs, le rapport recommande que l’évaluation des personnes atteintes de BPCO considère séparément les aspects suivants de la maladie:

• la présence de l’anomalie spirométrique et sa gravité
• nature et ampleur actuelles des symptômes
• antécédents d’exacerbations modérées et sévères et risque futur
• présence de comorbidités.

Le degré de FEV ₁ valeur, exprimée en pourcentage de la valeur prédite, est utilisé pour déterminer le stade de l’ OR (1-4), ¹ mais le niveau des symptômes, tel que déterminé par la moyenne des scores modifié MRC de dyspnée (MMRC) ou le test d’évaluation (CAT) et le risque d’exacerbations, basé sur le nombre d’exacerbations modérées ou sévères au cours de l’année précédente, sont utilisés pour déterminer le groupe GOLD du patient (voir Figure 1). Le rapport GOLD 2021 souligne à nouveau que cette évaluation des symptômes et du risque d’exacerbations n’est recommandée que comme base pour déterminer le traitement initial et n’est pas conçue pour réévaluer les patients pendant le suivi.

Fig 1: FEV ₁ = volume expiratoire forcé en 1 seconde; FVC = capacité vitale forcée; GOLD = Initiative mondiale pour les maladies pulmonaires obstructives chroniques; mMRC = British Medical Research Council modifié; CAT = test d’évaluation de la BPCO.

Prise en charge initiale

Après l’évaluation, la prise en charge initiale doit aborder la réduction de l’exposition aux facteurs de risque, tels que l’arrêt du tabac, des conseils généraux sur un mode de vie sain , les comorbidités du patient doivent être fournis, et la vaccination proposée (voir Figure 2). ¹ Le rapport GOLD 2021 inclut désormais la recommandation des Centers for Disease Control des États-Unis selon laquelle la vaccination contre le tétanos, la diphtérie et la coqueluche (TDCq) devrait être proposée aux adultes atteints de BPCO qui n’ont pas été vaccinés à l’adolescence pour se protéger contre la coqueluche. ¹

Recommandations sur la pharmacothérapie

Le rapport GOLD 2021 continue de séparer les recommandations pour le traitement initial de celles sur l’escalade ou la désescalade du traitement en fonction des modifications de l’essoufflement ou de la fréquence des exacerbations du patient.

Numération des éosinophiles sanguins

Le rapport continue de recommander l’utilisation de la numération des éosinophiles sanguins comme biomarqueur circulant pour aider à orienter les choix de traitement afin de maximiser les avantages et de minimiser le risque de l’utilisation de corticostéroïdes inhalés (CSI). Des essais cliniques prospectifs récents ont montré qu’une numération élevée des éosinophiles dans le sang est prédictive de l’efficacité des CSI dans la réduction des exacerbations, tandis que des études d’observation montrent que de faibles numérations sont prédictives d’un risque accru de développer une pneumonie. Les relations entre la numération sanguine des éosinophiles et la probabilité de bénéfice ou de risque de préjudice sont continues, ^,, mais les seuils qui peuvent être utilisés comme guides dans la pratique clinique sont recommandés par GOLD.

Pharmacothérapie initiale

La figure 3 montre la pharmacothérapie initiale recommandée pour les patients des groupes A à D, inchangée par rapport au rapport 2020. ^{1 Les} bronchodilatateurs sont le traitement initial recommandé pour les patients des groupes A, B et C.Le choix du traitement initial pour les patients du groupe D qui sont symptomatiques et à risque d’exacerbations dépend de l’intensité des symptômes et peut également être influencé par le sang numération des éosinophiles.

Examen des patients et réévaluation du traitement

Les patients doivent être réévalués pour déterminer si les objectifs du traitement consistant à réduire le risque d’exacerbations ou à réduire l’essoufflement et à améliorer la capacité d’exercice ont été atteints et, dans le cas contraire, s’il existe des obstacles pouvant être corrigés au succès du traitement, tels qu’une mauvaise technique d’inhalation ou une mauvaise observance (voir Figure 2). Lors de cette revue, il est également essentiel d’envisager des interventions non pharmacologiques telles que la rééducation pulmonaire et le sevrage tabagique. Si la réponse au traitement initial est suffisante, le traitement doit être poursuivi, mais si le patient continue à avoir des problèmes malgré le traitement initial, le traitement doit être modifié.

L’algorithme proposé par GOLD oblige le clinicien à identifier quel est le trait traitable prédominant (c’est-à-dire dyspnée persistante, exacerbations persistantes, ou les deux) et quelle thérapie le patient reçoit actuellement (voir Figure 4). Le clinicien doit alors utiliser soit le côté gauche de la figure si le problème est une dyspnée persistante, soit le côté droit s’il persiste des exacerbations, soit en isolement, soit avec une dyspnée persistante. 

Figure 4: Voies recommandées pour l’escalade et la désescalade de la thérapie en fonction de la thérapie actuelle et du trait traitable ¹LABA=long-acting beta₂‑agonist; LAMA=long-acting muscarinic antagonist; ICS=inhaled corticosteroid; eos=blood eosinophil count in cells per microlitre; FEV₁ =forced expiratory volume in 1 second

 www.goldcopd.org

Trithérapie

Le rapport GOLD 2021 contient une évaluation mise à jour des avantages de la trithérapie avec bêta ₂ -agoniste à longue durée d’action (LABA) / antagoniste muscarinique à longue durée d’action (LAMA) / ICS basée sur les résultats de récents grands essais contrôlés randomisés. Il a été démontré que la trithérapie améliore la fonction pulmonaire, les résultats rapportés par les patients et réduit les exacerbations par rapport au LAMA seul, au LABA / LAMA et au LABA / ICS.

Deux grands essais contrôlés randomisés d’une durée d’un an – IMPACT (n = 10 355) et ETHOS (n = 8509) – fournissent de nouvelles preuves sur la réduction de la mortalité avec des combinaisons de trithérapie inhalées à dose fixe par rapport à la bithérapie. ^8,18 Les deux essais ont été enrichis pour les patients symptomatiques ayant des antécédents d’exacerbations fréquentes et / ou sévères et ont comparé une trithérapie (à deux doses de CSI dans ETHOS) à deux options de bithérapie (LABA / LAMA et LABA / ICS). La mortalité était un résultat pré-spécifié pour les essais, mais pas un critère d’évaluation principal pour l’une ou l’autre des études. Dans IMPACT, la mortalité dans le bras de trithérapie était significativement plus faible que dans le bras de bronchodilatation avec des résultats similaires observés dans ETHOS avec la dose plus élevée de CSI (mais pas la dose la plus faible). ²⁰Le rapport GOLD 2021 conclut que ces résultats suggèrent que la trithérapie a un effet bénéfique sur la mortalité chez les patients symptomatiques ayant des antécédents d’exacerbations fréquentes et / ou sévères. Il indique également que des analyses ou des études plus poussées peuvent aider à déterminer si d’autres sous-groupes de patients spécifiques démontrent un plus grand bénéfice de survie.

BPCO et COVID-19

La pandémie du COVID-19 a entraîné de nombreux défis pour la gestion et le diagnostic de routine de la BPCO, ainsi que des préoccupations concernant les résultats pour les patients. Le rapport GOLD 2021 passe en revue les preuves actuelles concernant la BPCO et le COVID-19 et formule des recommandations provisoires basées sur l’état actuel des connaissances. Il conclut que, sur la base des données actuelles, les patients atteints de BPCO ne pas semblent être fortement un risque accru d’infection par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2), ce qui reflète peut – être l’effet des stratégies de protection. Les patients atteints de BPCO présentent un risque légèrement accru d’hospitalisation pour COVID-19, mais les preuves concernant le risque de développer une maladie grave et de mourir sont contradictoires. Dans l’ensemble, l’ampleur de ces risques est inférieure à ce à quoi on pourrait s’attendre.

Le rapport GOLD 2021 recommande que les patients atteints de BPCO suivent des mesures de contrôle de l’infection de base pour aider à prévenir l’infection par le SRAS-CoV-2, y compris l’éloignement social et le lavage des mains, et dans la mesure du possible, ils doivent porter des masques. Dans la plupart des cas, comme l’ont souligné les études sur l’utilisation dans la population générale, un masque facial lâche ou même un écran facial peut être tolérable et efficace, et le port d’un masque chirurgical ne semble pas affecter la ventilation, même chez les patients avec limitation sévère du débit d’air.

De nombreux systèmes de santé ont réduit les visites en personne pendant la pandémie et introduit des consultations à distance au moyen d’appels téléphoniques et vidéo en ligne. Un outil est disponible sur le site Web de GOLD pour prendre en charge l’examen à distance des patients atteints de BPCO .Le rapport GOLD 2021 recommande que la spirométrie soit limitée aux situations urgentes ou essentielles uniquement, comme avant une intervention chirurgicale ou une intervention chirurgicale. Il suggère que lorsque la spirométrie de routine n’est pas disponible, la mesure à domicile du débit expiratoire de pointe (PEF) combinée à des questionnaires patient validés peut être utilisée pour soutenir ou réfuter un diagnostic possible de BPCO. Il ne, cependant, souligner que PEF ne sont bien corrélés avec les résultats de la spirométrie, ^24-26 a une faible spécificité, et ne peut pas différencier les anomalies de la fonction pulmonaire obstructive et restrictives.

L’utilisation de l’ICS dans le traitement de la BPCO pendant la pandémie de COVID-19 a été remise en question; bien qu’il ait un effet protecteur global contre les exacerbations chez les patients atteints de BPCO et des antécédents d’exacerbations, l’utilisation de CSI est également associée à un risque accru de pneumonie. ¹ Une revue systématique n’a identifié aucune étude clinique chez des patients atteints de BPCO concernant la relation entre l’utilisation des CSI et les résultats cliniques des infections à coronavirus. Une étude plus récente suggère ICS utiliser dans la BPCO ne protégeait pas contre l’ infection par le coronavirus et a évoqué la possibilité qu’il a augmenté le risque de développer Covid-19, , mais les résultats sont à confondait probablement par l’indication pour ICS. Le rapport GOLD 2021 conclut qu’il n’y a pas de données concluantes pour soutenir la modification du traitement pharmacologique d’entretien de la BPCO, y compris les CSI, soit pour réduire le risque de développer COVID-19, soit au contraire en raison des craintes que le traitement pharmacologique puisse augmenter le risque de développer un COVID- 19 (Figure 5).

Pour réduire les risques de propagation du SRAS-CoV-2, de nombreux programmes de réadaptation pulmonaire ont été suspendus pendant la pandémie. Le rapport GOLD 2021 recommande que les patients soient encouragés à rester actifs à domicile et soutenus par des programmes de réadaptation à domicile.

Comme le souligne GOLD, différencier les symptômes de l’infection au COVID-19 des symptômes habituels de la BPCO ou d’une exacerbation peut être difficile: «  La toux et l’essoufflement se retrouvent chez plus de 60% des patients atteints de COVID-19, mais sont généralement accompagnés de fièvre (> 60% des patients) ainsi que fatigue, confusion, diarrhée, nausées, vomissements, courbatures et douleurs musculaires, anosmie, dysgueusie et maux de tête . ¹ Ces symptômes supplémentaires peuvent suggérer un diagnostic de COVID-19 et un test de dépistage du SRAS-CoV-2 doit être envisagé. La détection du SRAS-CoV-2 n’exclut pas le risque de co-infection avec d’autres agents pathogènes respiratoires et le dépistage d’autres causes de maladie respiratoire est également recommandé.

La radiographie thoracique est indiquée chez les patients atteints de BPCO présentant des symptômes modérés à sévères de COVID-19, avec des modifications principalement bilatérales observées avec la pneumonie à COVID-19. D’autres diagnostics, comme la pneumonie lobaire, le pneumothorax ou l’épanchement pleural, peuvent également être exclus ou confirmés par une radiographie thoracique. Les patients atteints de COVID-19 présentent un risque accru de thromboembolie veineuse et une angiographie pulmonaire par tomodensitométrie doit être réalisée si une embolie pulmonaire est suspectée. ¹

Les stéroïdes systémiques et les antibiotiques doivent être utilisés dans les exacerbations de la BPCO selon les indications habituelles. Les patients atteints de BPCO qui sont hospitalisés modérée à Covid-19 sévère et la pneumonie doivent être traités avec les approches pharmacothérapeutiques évolution, selon le cas, tel que la dexaméthasone et anticoagulation pour prévenir la thromboembolie veineuse. ^{La prise en} charge de l’insuffisance respiratoire aiguë doit inclure une supplémentation en oxygène appropriée, une mise en position couchée, de l’oxygène nasal à haut débit, une ventilation non invasive et une ventilation mécanique invasive, le cas échéant.

Le rapport recommande que la réadaptation soit fournie à tous les patients atteints de BPCO se rétablissant du COVID-19. Les patients qui développent un COVID-19 léger doivent être suivis comme d’habitude, mais ceux qui présentent un COVID-19 modéré ou sévère doivent être surveillés plus fréquemment, en particulier en ce qui concerne leur besoin d’oxygénothérapie.

Résumé

Le rapport GOLD 2021 n’apporte aucun changement majeur aux recommandations pour le diagnostic et l’évaluation de la BPCO ni pour la prise en charge d’une maladie stable ou d’exacerbations. Le nouveau chapitre sur la BPCO et le COVID-19 recommande qu’il n’est pas nécessaire de modifier la prise en charge pharmacologique et non pharmacologique de la BPCO stable, mais si les patients présentent des symptômes d’exacerbation ou évocateurs de COVID-19, ils doivent être testés pour le SRAS-CoV -2 infection et géré en conséquence.

Article original en anglais du Professeur David HalpinMédecin , consultant et professeur honoraire de médecine respiratoire, Faculté de médecine de l’Université d’Exeter. Membre du conseil d’administration et du comité scientifique de GOLD.

Mal réalisés,« les prélèvements nasopharyngés ne sont pas sans risque », a alerté l’Académie nationale de médecine dans un communiqué du 8 avril 2021. L’institution insiste sur les bonnes conditions de pratique de ces tests de diagnostic et de dépistage du Covid-19.

« Il faut faire les tests nasopharyngés. Ce sont les tests essentiels pour la Covid. Mais, s’ils sont mal faits , il y a danger. Ce danger commence à émerger avec les premières publications mettant en évidence des brèches méningées avec des méningites qui sont des événements graves. On préfère avertir que d’annoncer ensuite qu’il y a eu des catastrophes », a commenté le Pr Pierre Bonfils, membre de l’Académie de Médecine mais aussi ORL et chirurgien cervico-facial à l’hôpital Georges Pompidou à Paris pour Medscape édition française.

Les gestes à proscrire

Lorsque la tête est en hyper-extension (en arrière), l’écouvillon se dirige naturellement vers le haut du nez où est située la lame criblée de l’os esthmoïde. Cet os fin et fragile peut alors être perforé. On se retrouve alors à l’intérieur du crâne ce qui créé une brèche méningée. Cela entraîne un écoulement du liquide dans le nez et une porte vers l’infection. Le risque de méningite est bien là et a été décrit dans de premiers articles.

« Nous avons aussi eu le cas d’une patiente chez laquelle un prélèvement a abimé ce petit os qui supporte l’organe de l’odorat ce qui a induit un trouble majeur de l’odorat alors qu’elle n’a pas eu le Covid », précise le Pr Bonfils qui ajoute :

« Il faut absolument que ces mauvaises pratiques soient corrigées pour que les prélèvement soient faits dans de bonnes conditions de sécurité pour ne pas risquer de voir apparaitre dans les mois à venir des complications de type méningites. Sur les 71 millions de prélèvements qui ont été faits depuis un an, il risque d’y avoir un peu de casse. Il vaut mieux alerter les préleveurs pour qu’ils remettent en cause leurs pratiques. Lors du prélèvement, la tête doit être bien horizontale, l’écouvillon bien horizontal aussi et non pas dirigé vers le haut. Il faut demander aux personnes qui demandent le prélèvement si elles ont eu une opération des sinus, auquel cas la zone est fragilisée. Enfin, il faut privilégier les tests salivaires chez les enfants car il y a un risque qu’ils bougent lors du prélèvement », ajoute-t-il.

Rappel des recommandations de bonne pratique

Afin de ne pas négliger le risque lésionnel induit par la banalisation des prélèvements nasopharyngés effectués massivement dans le contexte de la Covid-19, l’Académie nationale de médecine rappelle les bonnes pratiques à respecter :

– s’enquérir, avant tout prélèvement, d’éventuels antécédents accidentels ou chirurgicaux de la sphère ORL pouvant modifier l’anatomie des cavités nasales et sinusales, notamment les interventions concernant la cloison, le cornet nasal inférieur et les sinus de la face ;

– ne pas placer la tête du patient en hyperextension lors du prélèvement, mais de la maintenir en position naturelle, le menton parallèle au sol ;

– introduire l’écouvillon en suivant horizontalement le plancher de la cavité nasale et ne le dévier en aucun cas vers le haut, en direction de la base du crâne.

De plus, l’Académie nationale de médecine recommande :

– de réserver la pratique des prélèvements nasopharyngés aux professionnels de santé formés pour la réalisation de ce geste dans des conditions techniques rigoureuses ;

– chez les enfants, de privilégier les prélèvements salivaires pour leur sécurité et leur acceptabilité ;

– de mettre en garde les utilisateurs d’auto-tests, l’auto-prélèvement pouvant exposer à de faux négatifs lorsque l’écouvillonnage est trop timide et superficiel, mais pouvant aussi devenir dangereux lorsque l’écouvillonnage est trop profond et dirigé dans la mauvaise direction.

Quand s’inquiéter ?

Il ne faut pas s’inquiéter d’éventuels saignements ou douleurs après un prélèvement car ce sont des complications bénignes. « En revanche si après un prélèvement lorsque l’on baisse la tête, il coule de l’eau de « roche », de l’eau claire. C’est le signe qu’il y a une brèche méningée et il faut consulter », indique le Pr Bonfils.

Référence : Medscape du 10 Avril 2021

Selon une étude parue dans The Lancet Psychiatry, l’anxiété et les troubles de l’humeur étaient les diagnostics les plus fréquents six mois après chez les anciens malades.

Une personne sur trois qui a surmonté le Covid-19 a eu un diagnostic de troubles neurologiques ou psychiatriques dans les six mois suivant l’infection, selon la plus grosse étude à ce jour sur le bilan mental d’anciens malades. L’anxiété (17%) et les troubles de l’humeur (14%) étaient les diagnostics les plus fréquents, selon l’étude, parue mercredi 7 avril dans le journal spécialisé The Lancet Psychiatry. L’incidence des atteintes neurologiques telles que les hémorragies cérébrales (0,6%), les accidents vasculaires cérébraux (2,1%) et la démence (0,7%) était globalement plus faible, mais le risque était généralement plus élevé parmi les patients qui avaient été gravement malades.

Si le risque au niveau individuel de la plupart de ces troubles neurologiques et psychiatriques est faible, l’effet peut être «considérable» pour les systèmes de santé en raison de l’ampleur de la pandémie, relève le professeur Paul Harrison (Université d’Oxford, Royaume-Uni), auteur principal de l’étude. D’autant que beaucoup de ces troubles sont «chroniques», argue-t-il, plaidant pour doter les systèmes de santé de ressources «pour faire face aux besoins». En analysant les dossiers de santé électroniques de 236.379 patients atteints de Covid, les auteurs relèvent que 34% ont eu un diagnostic de maladie neurologique ou psychiatrique dans les six mois suivant l’infection. Pour 13% de ces personnes, il s’agissait de leur premier diagnostic neurologique ou psychiatrique.

Un risque 44% plus élevé qu’après la grippe

Le risque de développer des troubles à long terme est accru chez les patients hospitalisés pour Covid-19 sévère. Ainsi, 46% des patients admis en réanimation ont eu un diagnostic de troubles neurologiques ou psychiatriques six mois après l’infection. Près de 7% des patients qui avaient été en réanimation ont fait un AVC ultérieur, 2,7% une hémorragie cérébrale et près de 2% ont développé une démence, contre respectivement 1,3%, 0,3% et 0,4% de ceux non hospitalisés.

Les chercheurs ont également examiné les données de plus de 100.000 patients ayant eu un diagnostic de grippe et celles de plus de 236.000 patients avec un diagnostic d’infections respiratoires. Le risque de diagnostics neurologiques ou psychiatriques était dans l’ensemble de 44% plus élevé après le Covid qu’après la grippe, et de 16% plus élevé qu’après une infection des voies respiratoires.

«Malheureusement, bon nombre des troubles identifiés dans cette étude ont tendance à être chroniques ou récurrents, nous pouvons donc anticiper que l’impact du Covid-19 pourrait perdurer pendant de nombreuses années», écrit le Dr Jonathan Rogers de l’Université de Londres (UCL) dans un commentaire publié dans le journal.

Les personnes étudiées ont probablement été plus gravement touchées que dans la population générale, notent toutefois les auteurs en évoquant celles, nombreuses, qui ne vont pas consulter pour des symptômes légers ou inexistants.

L’utilisation d’un masque fait partie des principales mesures barrières permettant de réduire la transmission de la Covid-19, l’effet du port du masque sur la saturation en oxygène (SpO₂) est une question récurrente chez les patients asthmatiques. Les patients adultes et pédiatriques consécutifs qui se sont présentés à un centre spécialisé dans la prise en charge de l’asthme (dans le Michigan, États-Unis) entre le 9 et le 23 octobre2020 ont été invités à répondre à une enquête portant sur les caractéristiques démographiques, le diagnostic d’asthme, la perception du contrôle de l’asthme et le type de masque porté. Une oxymétrie de pouls a été réalisée pendant le port du masque, et les répondeurs ont indiqué la durée d’utilisation du masque avant la mesure. Au total, 230 questionnaires ont été recueillis, et 7 questionnaires sans mesure adéquate de la SpO₂ ont été exclus. Sur les 223 enquêtes analysées, 40 % étaient des hommes (n = 89), 46 % ont déclaré souffrir d’asthme (n = 102) et 27 % étaient âgés de 19 ans ou moins (n = 60). La SpO₂ se situait entre 93 et 100 % (moyenne de 98 %) chez les personnes asthmatiques (n = 102), et entre 93 et 100 % (moyenne de 98 %) chez les personnes non asthmatiques (n = 121) (figure). 

La moyenne de la SpO₂ n’a pas montré de différence significative après ajustement en fonction du sexe (hommes : 98 %, femmes : 98 %), de l’origine ethnique (Afro-Américains : 98,5 %, Caucasiens  : 98 %, autres : 98 à 99,5 %), du type de masque utilisé (tissu : 98 %, n = 119 ; chirurgical : 98 %, n = 83 ; masque N95 : 99 %, n = 3), ou de la durée de port du masque (< 1 heure : 98 %, 1 heure ou plus : 99 %). Les asthmatiques ayant répondu au questionnaire et déclaré leur niveau de contrôle (n = 100) avaient une SpO₂ moyenne similaire dans les groupes asthme bien contrôlé (n = 80, moyenne de 98 %), assez contrôlé (n = 18, moyenne de 98 %) et non contrôlé (n = 2, moyenne de 96,5 %).

En conclusion, cette étude montre que le port du masque n’a pas diminué les taux de SpO₂ chez les patients, qu’ils soient asthmatiques ou non, et ce, quel que soit le type de masque porté. Ni la durée de port du masque, ni la perception du contrôle de l’asthme n’ont été corrélées avec un taux diminué de SpO₂.

D’après Hodges M et al., abstr. L18, actualisé . paru sur la revue , la lettre du Pneumologue. – Actualités au congrès AAAAI

( American Academy of Allergy, Asthma & Immunology, ) Édition virtuelle, 26 février – 1^er mars 2021

La question de savoir si l’asthme est un facteur de risque associé à une évolution péjorative chez les patients atteints de Covid-19 demeure jusqu’à présent non résolue.

Cette analyse de la Mayo Clinic a été réalisée à partir de la base de données des études Covid-19 publiées jusqu’au 2 octobre 2020 (patients avec infection à SARS-CoV-2 confirmée avec ou sans asthme associé). Les critères d’évaluation comprenaient la nécessité d’une hospitalisation, la durée de l’hospitalisation, l’admission en unité de soins intensifs (USI) et le décès. La méta-analyse a permis d’identifier 389 études. Après examen des résumés et du texte intégral, 16 études observationnelles portant sur 92 275 patients ont été retenues dans l’analyse. Sur ces 16 études, 15 étaient rétrospectives et 1 concernait une cohorte prospective. L’âge moyen était de 37,7 ans ; 63 % des patients étaient des femmes. Deux des études ont spécifiquement évalué des patientes enceintes, et 2 autres n’ont inclus que des enfants. Les résultats (figure) montrent que, chez les patients atteints d’une infection à SARS-CoV-2, la présence d’asthme n’est pas associée à une augmentation significative du risque d’hospitalisation (OR = 1,46 ; IC₉₅ : 0,29-7,28), de la durée d’hospitalisation (1,59 jour ; IC₉₅ : –0,55 ; 3,74), de l’admission en USI (OR = 1,65 ; IC₉₅ : 0,56-4,17) ou du décès (OR = 0,73 ; IC₉₅ : 0,38-1,40). 

Malgré un risque global de biais élevé, cette étude montre que l’asthme n’a pas eu d’impact délétère chez les patients infectés par le SARS-CoV-2. Le rôle de l’inflammation de type 2 et de l’utilisation de corticostéroïdes inhalés dans cette population mérite cependant d’être étudié plus en détail.

D’après Sitek AN et al., abstr. L28, actualisé – La lettre du Pneumologue – American Academy of Allergy, Asthma & Immunology
Édition virtuelle, 26 février – 1^er mars 2021

Alors que le coronavirus responsable de la COVID-19 se propage dans le monde entier, l’AIEA, en partenariat avec l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), propose aux pays une assistance et met à disposition ses compétences pour les aider à utiliser la réaction de polymérisation en chaîne après transcription inverse en temps réel (RT-PCR en temps réel), l’une des méthodes de laboratoire les plus rapides et les plus précises qui soient pour détecter, suivre et étudier le virus à l’origine de cette maladie.

Mais qu’est-ce que la RT-PCR en temps réel ? Comment fonctionne-t-elle ? En quoi diffère-t-elle de la PCR ? Et qu’a-t-elle à voir avec la technologie nucléaire ? Nous avons voulu, dans l’article qui suit, expliquer cette technique et notamment son fonctionnement, et revenir sur quelques points concernant les virus et la génétique.

Qu’est-ce que la RT-PCR en temps réel ?

La RT-PCR en temps réel est une technique dérivée du nucléaire qui permet de détecter la présence de matériel génétique propre à un agent pathogène, notamment un virus. Initialement, le matériel génétique cible était détecté au moyen de marqueurs isotopiques radioactifs, mais la méthode a ensuite été perfectionnée et d’autres types de marqueurs, le plus souvent des colorants fluorescents, remplacent aujourd’hui les isotopes. Avec cette technique, les scientifiques peuvent visualiser les résultats de façon presque immédiate, avant que le processus soit terminé, tandis que la RT-PCR classique ne livre ses résultats que tout à la fin.

La RT-PCR en temps réel est l’une des techniques de laboratoire les plus utilisées pour détecter le virus de la COVID-19. De nombreux pays y ont eu recours pour dépister d’autres maladies, notamment les maladies à virus Ebola et à virus Zika, mais nombreux aussi sont ceux qui ont encore besoin d’une assistance pour adapter la méthode au virus de la COVID-19 et renforcer leurs capacités de diagnostic à l’échelle nationale.

Qu’est-ce qu’un virus et qu’est-ce que le matériel génétique ?

Un virus est un organisme microscopique constitué de matériel génétique entouré d’une enveloppe moléculaire. Ce matériel génétique peut être composé d’acide désoxyribonucléique (ADN) ou d’acide ribonucléique (ARN).

L’ADN est une molécule à deux brins présente dans tout type d’organismes, notamment les animaux, les plantes et certains virus, qui contient le code génétique, c’est-à-dire le programme selon lequel l’organisme se forme et se développe.

L’ARN est une molécule, généralement composée d’un seul brin, qui copie, ou transcrit, une partie du code génétique de l’organisme pour la transmettre à des protéines qui synthétisent des molécules nécessaires à l’accomplissement des fonctions essentielles à la vie et au développement de l’organisme. Il existe différents types d’ARN permettant la copie, ou transcription, et la transmission du matériel génétique.

Certains virus, dont le coronavirus SARS-CoV-2, qui est responsable de la COVID-19, ne contiennent que de l’ARN, ce qui signifie qu’ils ont besoin de s’infiltrer dans des cellules saines pour se multiplier et survivre. Une fois dans la cellule, le virus utilise son propre code génétique (de l’ARN dans le cas du virus de la COVID-19) pour prendre le contrôle de celle-ci et la « reprogrammer » pour qu’elle se mette à produire des virus.

Pour détecter précocement ce type de virus dans l’organisme à l’aide de la RT-PCR en temps réel, les scientifiques doivent convertir son ARN en ADN selon un processus appelé « transcription inverse ». Cette étape est nécessaire car seul l’ADN peut être copié, ou « amplifié », en laboratoire. Or, l’amplification est une étape clé du processus de RT-PCR en temps réel pour la détection des virus.

Les scientifiques amplifient plusieurs centaines de milliers de fois une partie de l’ADN viral transcrit. L’amplification est une étape importante car elle permet aux scientifiques d’obtenir une quantité suffisamment grande de séquences d’ADN viral cibles pour pouvoir confirmer avec exactitude la présence du virus, et leur évite d’avoir à rechercher une quantité infime du virus parmi des millions de brins d’information génétique.

Comment fonctionne la RT-PCR en temps réel avec le virus de la COVID-19 ?

On prélève un échantillon sur les parties du corps où le virus responsable de la COVID-19 s’accumule, comme le nez ou la gorge. On traite l’échantillon avec plusieurs solutions chimiques pour le débarrasser de certaines substances, notamment les protéines et les graisses, et extraire uniquement l’ARN qu’il contient. L’ARN ainsi extrait est composé à la fois du matériel génétique de la personne et, s’il est présent, de l’ARN du virus.

L’ARN est alors converti en ADN, lors de la transcription inverse, grâce à une enzyme spécifique. Les scientifiques ajoutent ensuite de courts fragments d’ADN complémentaires de certaines séquences de l’ADN viral transcrit. Si le virus est présent dans l’échantillon, ces fragments s’attachent aux séquences d’ADN viral cibles. Certains des fragments d’ADN ajoutés servent uniquement à construire de nouveaux brins d’ADN lors de l’amplification, tandis que les autres servent aussi au marquage des brins qui permettront de détecter le virus.

Le mélange est ensuite placé dans un appareil de RT-PCR, où il est chauffé et refroidi suivant des cycles qui déclenchent des réactions chimiques permettant d’obtenir de nouvelles copies, identiques, des séquences d’ADN viral cibles. Les cycles se répètent de nombreuses fois pour continuer à copier ces séquences. À chaque cycle, la quantité double : on passe de deux copies à quatre, puis de quatre à huit, et ainsi de suite. Le processus de RT-PCR en temps réel comprend généralement 35 cycles, ce qui signifie qu’à la fin du processus environ 35 milliards de nouvelles copies des séquences d’ADN viral sont produites à partir de chaque brin d’ARN viral présent dans l’échantillon.

À mesure que les copies des séquences de l’ADN viral sont produites, les marqueurs se fixent sur les brins d’ADN et émettent une fluorescence qui est mesurée par l’ordinateur de l’appareil. Les résultats s’affichent en temps réel à l’écran. L’ordinateur effectue un suivi de la quantité de fluorescence dans l’échantillon à la fin de chaque cycle. Lorsque le niveau de fluorescence dépasse un certain seuil, la présence du virus est confirmée. Le nombre de cycles nécessaires pour atteindre ce seuil permet également aux scientifiques d’estimer la gravité de l’infection : plus le seuil est atteint rapidement, plus l’infection est grave.

Pourquoi utiliser la RT-PCR en temps réel ?

La technique de RT-PCR en temps réel, hautement sensible et spécialisée, permet d’établir un diagnostic fiable en seulement trois heures, bien que les laboratoires mettent six à huit heures en moyenne. Elle est beaucoup plus rapide que les autres méthodes d’isolement de virus disponibles et présente un risque plus faible de contamination ou d’erreur puisque toutes les étapes peuvent être réalisées dans un tube fermé. De toutes les techniques disponibles, elle reste la plus précise pour le dépistage du virus de la COVID-19.

Mais étant donné que les virus ne sont présents dans l’organisme que pendant une certaine durée, la RT‑PCR en temps réel ne permet pas de déterminer si un individu a été infecté par le passé, ce qui est pourtant essentiel pour comprendre comment le virus se développe et se propage. Pour détecter, suivre et étudier les infections passées, en particulier les infections asymptomatiques qui auraient contribué à la propagation du virus, d’autres méthodes sont nécessaires.

Qu’est-ce que la PCR et en quoi diffère-t-elle de la RT-PCR en temps réel ?

La RT-PCR est une variante de la PCR, ou réaction de polymérisation en chaîne. Les deux techniques reposent sur le même processus, mais la RT-PCR prévoit une étape supplémentaire, la transcription inverse de l’ARN en ADN, ou RT, qui est nécessaire pour pouvoir passer à l’amplification du matériel génétique. La PCR ne peut donc être utilisée que sur des agents pathogènes, tels que des virus et des bactéries, qui contiennent déjà de l’ADN, alors que la RT-PCR permet de transcrire l’ARN en ADN, pour ensuite l’amplifier. Les deux méthodes se prêtent à un suivi « en temps réel », c’est-à-dire que les résultats peuvent être visualisés de façon presque immédiate, alors qu’avec les versions « classiques » du test, les résultats ne peuvent être obtenus qu’à la toute fin de la réaction.

La PCR fait partie des tests de dépistage les plus utilisés pour détecter les agents pathogènes, notamment les virus, qui sont responsables de maladies comme la fièvre hémorragique à virus Ebola, la peste porcine africaine et la fièvre aphteuse. Étant donné que le virus de la COVID-19 renferme uniquement de l’ARN, on a recours à la RT-PCR en temps réel ou classique pour le détecter.